《办法》规定，企业必须对对研发费用实行专账管理，准确归集填写年度可加计扣除的各项研发费用实际发生额，这就要求企业首先要对每一个研发项目都设置独立的台账，以准确核算每一个项目的研发费用，特别针对企业有多个研发项目，发生的公共费用应当进行合理分摊；

其次，要求企业涉及研发活动的相关部门都必须对所发生的研发费用进行准确的分类、归集并登记台账。然而，有些企业认为只要按照研发项目的各项要求完成研发活动，取得专利成果就可以了，而对研发费用的管理却并没有加以足够重视，未进行专账管理，有的企业甚至将研发费用管理简单地交由财务部门负责。

但事实上，企业的研发活动一般会包括科学研究、技术开发、产品开发和工艺开发四个过程，通常是由企业不同的部门完成的，如科学研究、技术开发由研发中心承担，产品开发由产品设计部门承担，工艺开发由生产部门承担.

由此可见，企业的研发活动往往是一项跨部门的系统工程，需要运用到企业多个部门的资源，每一个研发项目所发生的研发费用也会相应地散布在企业的不同部门之中，如果仅仅依靠财务部门是很难及时准确地对企业发生的所有研发费用进行管理与归集。

因此，企业应当要求所有参与研发活动的部门都必须重视研发费用的管理，按照研发项目建立费用台账，实行专账管理，而对于同时进行多个研发活动的企业，还必须按不同项目分别归集可加计扣除的研发费用。

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